Brat标注

1.安装过程

Step1：进入brat的主页，下载安装包。链接为：http://brat.nlplab.org/index.html

Step2：解压后，进行安装

./install.sh

Step3：配置apache2的内容来支持brat（macos和linux的配置不同，详见）

  1. 进入apache2的目录：

    cd /private/etc/apache2

  2. 编辑httpd.conf文件，在最末尾添加如下内容：

    <Directory "/opt/brat-v1.3_Crunchy_Frog">
   Options Indexes MultiViews FollowSymLinks
   Order allow,deny
   Allow from all

   AllowOverride Options Indexes FileInfo Limit
   AddHandler cgi-script .cgi
   AddType application/xhtml+xml .xhtml
   AddType font/ttf .ttf
</Directory>

Step4：每次运行需要进入brat的根目录，然后运行：

python2 standalone.py

【Tips】

为了方便，我在oh my zsh的配置文件配置了便捷命令：

alias cdbrat="cd /opt/brat-v1.3_Crunchy_Frog"
alias runbrat="python2 standalone.py"

这样的话，每次再登入brat就OK了：

cdbrat && runbrat

2.Brat使用指北

2.0 标注过程

  1. 将待标注的文本数据copy到Brat的目录的data下：/opt/brat-v1.3_Crunchy_Frog/data/medecial

  2. cd到上述文件夹中，然后对应生成空的ann文件（或者是运行第3章的预标注的脚本来生成）：

    find medical -name '*.txt' |sed -e 's|\.txt|.ann|g' |xargs touch

  3. 修改支持中文，记住待标注的文件名别有中文，要不然brat是不识别的。到./server/src/projectconfig.py第163行，修改为如下：

    n = re.sub(u'[^a-zA-Z\u4e00-\u9fa5<>,0-9_-]', '_', n)

  4. 在medecial文件夹下，创建annotation.conf和visual.conf。

    annotation.conf：用于定义Schema

    visual.conf：用于定义可视化的颜色和显示的别称

2.1 标注Schema

实体类别

  • 身体部位 Body

  • 症状和体征 Symptom

  • 疾病和诊断 Disease

  • 检查和检验 Examine

  • 治疗 Treatment

关系类型

  • R1 Arg1:Body, Arg2:Symptom

  • R2 Arg1:Examine,Arg2:Disease

  • R3 Arg1:Body, Arg2:Disease

  • R4 Arg1:Body, Arg2:Examine

2.2 标注中遇到的问题

问题1：当2个实体存在包含关系时，怎么办？

标注规则规定如下：

注：这个规则可以合并入下面的规则3

问题2：出现标注标准不同的情况，怎么办？

规定标注规则如下：

  • 规则1：N*实体A+实体B，标注为实体B

  • 规则2：实体A+Others+实体A+实体C，分开标注；并分别标注实体A与实体C的关系。

  • 规则3：当实体A+实体C可构成实体实体D时，标注为实体D

上述规则中：

实体A为身体部位

实体B为检查和检验

实体C为症状与体征

实体D为疾病和诊断

3.根据词典预标注

这块主要思想是：用已知的部分领域词在语料中进行预标注，预生成ann文件，用以起到部分辅助标注的工作。

在甲方爸爸这里拿到了一小部分的领域词，词数为1350词，主要包括：作战单元的类型与命名、部分作战区域的名称、常见气象名称。

预标注后需要人工来检测验证的问题：

  1. 标注的词在文章出现重叠/交叉（根据标注规则，来选择是分开标注or最长标注）

  2. 标注中出现错误（像比如把武大靖中的武大给标记出来了）

  3. 标注中未标注的（在词典中未出现过的词，以及部分词的缩略称/别称）

3.1 预标注伪代码描述

  1. 输入

    • enti_list，其中每个元素为(enti_name,enti_type)

    • unlabeled_txt_list，其中每个元素为txt

  2. 预标注伪代码

    def mark_ann(enti_list,txt_list):
    for txt in txt_list:
    txt_name = txt.get_name # 获取txt的名字

    result = []
    count = 0
    for enti in enti_list: # (enti_name,enti_type)
      split_list = txt.split(enti)
      pre = -1

      enti_name = enti[0]
      enti_type = enti[1]
      len_word = len(enti_name)

      for idx,words in enumerate(split_list):
        if idx < len(split_list) - 1:
          start = pre + len(words) + 1
          end = start + len_word - 1
          pre = end
          count += 1
          result.append(("T" + str(count),enti_type,str(start),str(end),enti_name))

    with open("txt_name" + ".ann","w") as f:
      for idx,t in enumerate(result):
        f.write(" ".join(t))
        if idx < len(result) -1:
            f.write("\n")

  3. 时间复杂度

  • O(CK)：C与文章的总长度和词在文章的频数有关

  • 对于整个文本数据集T，时间复杂度为O(N*CK)

效率随着每篇文章的长度、词典的长度、文本集中文本个数增加而增加。

3.2 AC自动机算法原理

Aho-Corasick算法是多模式匹配中的经典算法，该算法在1975年产生于贝尔实验室，是著名的多模匹配算法，目前在实际应用中较多。

AC自动机的基本算法原理是基于：Trie树数据结构 + 确定性有穷自动机。这样，AC自动机能够在一次运行中找到给定集合所有字符串。

3.2.1 算法步骤及原理

它大概分为三个步骤：构建前缀树（生成goto表），添加失配指针（生成fail表），模式匹配（构造output表）。下面，我们拿模式集合[say, she, shr, he, her]为例，构建一个AC 自动机。

1. 构建Trie树

将模式串逐字符放进Trie树，如下图。

class Trie {
      constructor() {
          this.root = new Node("root");
      }
      insert(word) {
          var cur = this.root;
          for (var i = 0; i < word.length; i++) {
              var c = word[i];
              var node = cur.children[c];
              if (!node) {
                  node = cur.children[c] = new Node(word[i]);
              }
              cur = node;
          }
          cur.pattern = word; //防止最后收集整个字符串用
          cur.endCount++; //这个字符串重复添加的次数
      }
  }
  function createGoto(trie, patterns) {
      for (var i = 0; i < patterns.length; i++) {
          trie.insert(patterns[i]);
      }
  }

我们尝试用它处理字符串sher。理想情况下是这样：

很遗憾，前缀树只会顺着某一路径往下查找，最多到叶子节点折回树节点，继续选择另一条路径。

因此我们需要添加一些横向的路径，在失配时，跳到另一个分支上继续查找，保证搜索过的节点不会冗余搜索。

2. 添加失配指针

很显然，对于每个节点，其失配指针应该指向其他子树中的表示同一字符的那些节点，并且它与其子树能构成剩下的最长后缀。

即，我们要匹配sher, 我们已经在某一子树中命中了sh，那么我们希望能在另一个子树中命中er。

现在的问题是，如何求fail指针？

我们发现root的每个儿子的fail都指向root（前缀和后缀是不会包含整个串的）。

也就是上图中root所连的s和h的fail都指向root。若已经求得sh所在点的fail，我们来考虑如何求she所在点的fail。

根据sh所在点的fail得到h是sh的最长后缀，而h又有儿子e，因此she的最长后缀应该是he，其fail指针就指向he所在点。

概括AC自动机求fail指针的过程：

  1. 1.对整个字典树进行宽度优先遍历。

  2. 若当前搜索到点x，那么对于x的第i个儿子(也就是代表字符i的儿子)：循环迭代x的兄弟节点，直到跳到某个点也有i这个儿子，x的第i个儿子的fail就指向这个点的儿子i。

    function createFail(ac) {
    var root = ac.root;
    var queue = [root]; //root所在层为第0层
    while (queue.length) {
        //广度优先遍历
        var node = queue.shift();
        if (node) {
            //将其孩子逐个加入列队
            for (var i in node.children) {
                var child = node.children[i];
                if (node === root) {
                    child.fail = root; //第1层的节点的fail总是指向root
                } else {
                    var p = node.fail; //第2层以下的节点, 其fail是在另一个分支上
                    while (p) {
                        //遍历它的孩子，看它们有没与当前孩子相同字符的节点
                        if (p.children[i]) {
                            child.fail = p.children[i];
                            break;
                        }
                        p = p.fail;
                    }
                    if (!p) {
                        child.fail = root;
                    }
                }
                queue.push(child);
            }
        }
    }
}

3. 模式匹配

我们从根节点开始查找，如果它的孩子能命中目标串的第1个字符串，那么我们就从这个孩子的孩子中再尝试命中目标串的第2个字符串。否则，我们就顺着它的失配指针，跳到另一个分支，找其他节点。

如果都没有命中，就从根节点重头再来。

当我们节点存在表示有字符串在它这里结束的标识时（如endCound, isEnd），我们就可以确认这字符串已经命中某一个模式串，将它放到结果集中。

如果这时长字符串还没有到尽头，我们继续收集其他模式串。

3.3 ahocorasick库

pyahocorasick是AC算法在python实现的工具库，直接pip install安装可能会有问题，用conda安装实现吧。

conda install -c https://conda.anaconda.org/conda-forge pyahocorasick

具体的食用方法如下：

import ahocorasick
# https://blog.csdn.net/u010569893/article/details/97136696
def make_AC(AC, word_set):
    for word in word_set:
        AC.add_word(word,word)
    return AC
key_list = ["我爱你","爱你"]
AC_KEY = ahocorasick.Automaton()
AC_KEY = make_AC(AC_KEY, set(key_list))
AC_KEY.make_automaton()

content = "我爱你，塞北的雪，爱你，我爱你！"
for item in AC_KEY.iter(content):
    word = item[1]
    end = item[0]
    start = end - len(word) + 1
    print(start,end,word)

输出结果为：

0 2 我爱你
1 2 爱你
9 10 爱你
12 14 我爱你
13 14 爱你
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